Pemerintah desa terdiri atas kepala desa dan perangkat desa. Kepala desa dan perangkatnya bertugas menyelenggarakan pemerintahan desa, melaksanakan pembangunan desa, pembinaan kemasyarakatan desa dan pemberdayaan masyarakat desa guna peningkatan pemerataan dan keadilan dengan mengembangkan seluruh potensi yang dimiliki desa.

Pengelolaan penyelenggaraan pemerintahan desa mencakup perencanaan pemerintahan, pengorganisasian atau kelembagaan pemerintahan, penggunaan sumber-sumber daya, pelaksanaan urusan rumah tangga pemerintahan dan urusan pemerintahan umum, serta pengawasan penyelenggaraan pemerintahan berdasarkan kewenangan dalam bidang pemerintahan desa.

Pasal 8, Permendesa No. 1 Tahun 2015 menyebutkan ada 21 kewenangan dalam bidang pemerintahan yang dimiliki oleh desa.

Kewenangan lokal  berskala desa di bidang pemerintahan desa meliputi :
v Penetapan dan penegasan batas desa;
v Pengembangan sistem administrasi dan informasi desa;
v Pengembangan tata ruang dan peta sosial desa;
v Pendataan dan pengklasifikasian tenaga kerja desa;
v Pendataan penduduk yang bekerja pada sektor pertanian dan sektor non     pertanian;
v Pendataan penduduk menurut jumlah penduduk usia kerja, angkatan kerja,     pencari kerja, dan tingkat partisipasi angkatan kerja;
v Pendataan penduduk berumur 15 tahun ke atas yang bekerja menurut     lapangan pekerjaan jenis pekerjaan dan status pekerjaan;
v Pendataan penduduk yang bekerja di luar negeri;
v Penetapan organisasi pemerintah desa;
v Pembentukan BPD;
v Penetapan perangkat desa;
v Penetapan BUM Desa;
v Penetapan APB Desa;
v Penetapan peraturan desa;
v Penetapan kerja sama antardesa;
v Pemberian izin penggunaan Balai Desa;
v Pendataan potensi desa;
v Pemberian izin hak pengelolaan atas tanahdesa;
v Penetapan desa dalam keadaan darurat seperti kejadian bencana,   konflik, rawan pangan, wabah penyakit, gangguan keamanan, dan kejadian luar biasa lainnya dalam skala desa;
v Pengelolaan arsip desa;
v Penetapan pos keamanan dan pos kesiapsiagaan lainnya sesuai dengan kebutuhan dan kondisi sosial masyarakat desa.

Selain menjalankan kewenangan tersebut, pemerintah desa juga menjalankan tugas-tugas rutin pemerintahan  di tingkat desa, yaitu pelayanan administrasi masyarakat desa (surat pengantar KTP, surat keterangan tidak mampu, surat lainnya).

Kewenangan tersebut harus dikelola secara partisipatif, transparan dan akuntabel dalam penyelenggaraan pemerintahan desa. Secara umum pengelolaan pemerintahan desa mencakup beberapa aspek sebagai berikut, antara lain:

a.   Perencanaan pemerintahan desa. Pemerintah desa harus merencanakan berbagai program dan kegiatan yang berhubungan dengan rumah tangga pemerintahan, pelaksanaan urusan pemerintahan, pembangunan, pembinaan masyarakat, dan pemberdayaan masyarakat melalui penyusunan perencanaan pembangunan desa (RPJM Desa dan RKP Desa). Setelah memiliki dokumen perencanaan pembangunan desa, selanjutnya pemerintah desa menyusun perencanaan anggaran (RAPB Desa).

b.   Pengorganisasian kelembagaan pemerintahan desa.     Pemerintah desa melakukan pengorganisasian kelembagaan yang ada di desa, mengatur pola hubungan dengan pemerintah desa dengan tujuan menjadi mitra dalam pelaksanaan pembangunan desa. Pelibatan peran-peran kelembagaan masyarakat desa dalam pelaksanaan pembangunan, pemberdayaan, dan pembinaan masyarakat desa mutlak diperlukan. Peranan kelembagaan desa (pemerintah desa, badan permusyawaratan desa, dan lembaga kemasyarakatan desa) dalam rangka penyusunan dan implementasi kebijakan berkaitan erat dengan pembangunan, pemerintahan, pengembangan kemasyarakatan. Pada era reformasi hal tersebut semakin menguat dibandingkan era orde baru. Perubahan ini sejalan tuntutan dan kebutuhan perubahan paradigma pembangunan dari “membangun desa” ke “desa membangun”.

c.   Penggunaan sumber-sumber daya pemerintahan desa (sumber daya aparatur, sumber daya alam, sumber daya buatan, sumber daya sosial, keuangan, dan peralatan). Dalam konteks ini, pemerintah desa mengelola sumber-sumber daya yang ada di desa termasuk sumber daya aparatur pemerintah desa. Pembagian tugas pokok dan fungsi aparatur pemerintah desa sangat diperlukan untuk menunjang kinerja pemerintahan yang optimal. Selain itu pengorganisasian sumber daya, aset dan potensi yang ada di desa untuk peningkatan kesejahteraan masyarakat.


d.   Pengawasan penyelenggaraan pemerintahan desa. Badan Permusyawaratan Desa (BPD) sebagai representasi permusyawara- tan masyarakat harus menjalankan tugas dan fungsinya sebagai mitra pemerintah desa dalam melaksakan tugas pemerintahan, pembangunan, pemberdayaan, dan pembinaan masyarakat. Musyawarah Desa sebagai instrumen pengambilan keputusan bersama di tingkat desa harus dijalankan untuk menciptakan suasana kehidupan pemerintahan yang demokratis dan partisipatif.